В случае, когда в едином агрегаторе торговли (сайт еат.рф) не подписываются документы, возникают всплывающие окна сертификат не найден, объект не найден необходимо в личном кабинете добавить сертификат пользователя.
Авторизуемся. Нажимаем на фамилию пользователя, выбираем учетные данные:

На открывшейся странице нажимаем кнопку "добавить сертификат". Выбираем из списка сертификатов нужный. Сертификат добавился.
После этого ошибка подписания уходит. Документы подписываются.
Проверено. Работает.