В сертификате ключа ЭП в области применения должны быть:
- согласование ключей =1
- шифрование данных =1
- шифрование ключа=1
Посмотреть можно следующим образом:
Открываем сертифкат (файл *.cer), открываем закладку свойства, находим строку использование ключа:

Смотрим, проверяем, при необходимости делаем новый.